Obiettivi formativi
Lo Human Genome Project e i successivi sviluppi tecnologici, in particolare le tecnologie di sequenziamento massivo in parallelo del DNA e le tecniche di studio della organizzazione tridimensionale della cromatina hanno modificato lo scenario dei rapporti tra genetica e medicina. L’era della genetica medica, focalizzata sulle anomalie cromosomiche e le malattie monogeniche sta lasciando il passo all’era della genomica clinica e di salute pubblica, e le analisi su scala genomica della variabilità genetica stanno cominciando a collegare in modo comprensibile il genoma al fenoma. I ricercatori hanno quindi spostato l'attenzione verso la comprensione delle funzioni geniche e dei meccanismi regolatori che controllano l'espressione genica. Questo include lo studio delle interazioni gene-gene e gene-ambiente per comprendere meglio i tratti complessi e le malattie. Obiettivi formativi specifici Conoscenza e capacità di comprensioneLo studente acquisirà una conoscenza approfondita delle tecnologie e degli approcci sperimentali propri della genomica funzionale, con particolare attenzione alle tecniche di sequenziamento ad alta processività, all'analisi dell’organizzazione tridimensionale della cromatina e ai meccanismi di regolazione dell’espressione genica. Verranno inoltre acquisite competenze sul ruolo della variabilità genetica e delle interazioni gene-gene e gene-ambiente nella determinazione di fenotipi complessi. Conoscenza e capacità di comprensione applicateAl termine del corso lo studente sarà in grado di progettare e interpretare studi sperimentali nell’ambito della genomica funzionale, selezionando in modo critico le metodologie più appropriate. Saprà applicare queste conoscenze alla ricerca biomedica avanzata e a contesti clinici di genomica traslazionale. Autonomia di giudizioLo studente svilupperà capacità critiche nell'analisi dei dati genomici e sarà in grado di valutare in autonomia la qualità e l'affidabilità dei risultati scientifici, formulando ipotesi coerenti e individuando le implicazioni etiche, cliniche e scientifiche delle proprie analisi. Abilità comunicativeLo studente acquisirà la capacità di comunicare in modo chiaro, efficace e professionale i contenuti e i risultati di analisi genomiche complesse, sia in ambito accademico che in contesti multidisciplinari, utilizzando la terminologia scientifica appropriata e i principali strumenti di comunicazione scientifica. Capacità di apprendimentoLo studente svilupperà un’elevata autonomia nello studio e nell’aggiornamento continuo, acquisendo la capacità di accedere criticamente alla letteratura scientifica e di approfondire in modo indipendente le innovazioni metodologiche e tecnologiche nel campo della genomica funzionale.
Programma
PARTE I: Evoluzione Concettuale e Organizzazione Globale del Genoma (Lezioni 1-5)• Lezione 1: Dalla Genetica alla GenomicaL'evoluzione concettuale del termine "gene" dal periodo classico e mendeliano fino all'era moderna; polimorfismi; mappe genetiche e fisiche; studi di linkage e GWAS• Lezione 2: Sequenziamento Sanger e Identificazione dei GeniIl sequenziamento del DNA a terminazione di catena; strategie storiche di clonaggio posizionale per l'identificazione di geni-malattia; genetica diretta e inversa.• Lezione 3: Il Progetto Genoma Umano e i Geni Codificanti ProteineTappe e metodologie di mappatura fisica e contig clonali del Progetto Genoma Umano (HGP); analisi quantitativa e distribuzione dei geni codificanti proteine.• Lezione 4: Duplicazione Genica, Famiglie Geniche e Geni ad RNAMeccanismi molecolari di duplicazione genica (neofunzionalizzazione, pseudogeni); classificazione delle famiglie geniche ed evoluzione della complessità; introduzione ai geni per RNA non codificanti (rRNA, lncRNA, miRNA, piRNA).• Lezione 5: Distribuzione dei Geni, DNA Non Codificante (ncDNA) e sviluppi del Progetto Genoma UmanoEterogeneità della densità genica, deserti genici e modello delle isocore; analisi del ncDNA; innovazioni dei consorzi Telomere-to-Telomere (T2T) e Human Pangenome Project. PARTE II: Epigenetica Molecolare, Omiche e Topologia 3D (Lezioni 6-11)• Lezione 6: Struttura Base della Cromatina e Modificazioni IstonicheLivelli gerarchici di compattamento del DNA e biologia del nucleosoma (ottamero istonico, varianti e istone linker H1); dinamismo cromatinico, modificazioni istoniche e relativo codice, enzimi readers e writers.• Lezione 7: Metilazione del DNA: Ruolo Biologico e Meccanismi EpigeneticiMetilazione del DNA e suo significato funzionale; Enzimi DNMT; ruolo della metilazione nella repressione genica e nello sviluppo; eucromatina e eterocromatina costitutiva e facoltativa• Lezione 7-8: Tecniche Next-Generation Sequencing (NGS) e sue Applicazioni in Genomica FunzionalePiattaforme NGS di seconda e terza generazione. Sequenziamento dell’RNA e trascrittomica. Applicazioni dell’NGS su DNA e RNA. CHIP-Seq, CUT&Run, Metagenomica.• Lezione 9: Organizzazione 3D del Genoma e Tecniche per lo studio della Conformazione della CromatinaArchitettura tridimensionale interfasica: territori cromosomici, compartimenti A/B, domini topologicamente associati (TADs) e loop promotore-enhancer. Tecniche di cattura della conformazione (Hi-C, Micro-C, MCC) e metodi indipendenti da ligazione• Lezione 10: Imprinting Genetico e Inattivazione del Cromosoma XEspressione monoallelica genitore-specifica ed evidenze da trapianto pronucleare; disomie uniparentali (UPD) e sindromi genetiche umane (Prader-Willi, Angelman, Silver-Russell, Beckwith-Wiedemann); Significato biologico, fasi e meccanismi molecolari dell'inattivazione del cromosoma X.• Lezione 11: Genomica a Singola Cellula (Single-Cell Genomics)Principi, tecniche e implicazioni delle analisi genomiche a singola cellula; sequenziamento dell'RNA a singola cellula (Single-cell RNA-Seq) per lo studio dell'eterogeneità trascrizionale; cenni alla trascrittomica spaziale e alle analisi multi-omiche. PARTE III: Sistemi in Vitro, Ingegneria di Trasduzione e Gene Editing (Lezioni 12-14)• Lezione 12: Colture Cellulari e Biologia delle Cellule StaminaliManipolazione e mantenimento in vitro di colture cellulari; biologia, auto-rinnovamento e differenziamento di cellule staminali pluripotenti (ESC, iPSC) e multipotenti come modelli biologici.• Lezione 13: Tecnologie di Ingegneria Genomica e Vettori PlasmidiciPrincipi del clonaggio molecolare e i principali vettori plasmidici utilizzati per manipolare l’espressione genica. Metodi di clonaggio del DNA, i diversi tipi di plasmidi (clonaggio, espressione, reporter e knock-down), i promotori, le strategie di trasfezione e i sistemi per ottenere espressione costitutiva o inducibile dei geni nelle cellule eucariotiche. Utilizzo di nucleasi a dita di zinco (ZFN), TALEN e la piattaforma CRISPR/Cas9; sfruttamento delle vie di riparazione del DNA (NHEJ e HDR).• Lezione 14: Vettori Virali per il Trasferimento GenicoBiologia molecolare e ingegnerizzazione di vettori retrovirali e lentivirali; architettura dei vettori auto-inattivanti (SIN) tramite delezione 3'-LTR; confronto strutturale tra piattaforme di II e III generazione e metodiche di titolazione. PARTE IV: Saggi Funzionali, Interattomica e Modelli Animali In Vivo (Lezioni 15-18)• Lezione 15: Studio Funzionale dei Promotori e della TrascrizioneCaratterizzazione biochimica e funzionale delle regioni regolatorie: design di vettori reporter (luciferasi, GFP) e mutagenesi sito-diretta dei motivi di legame trascrizionali.• Lezione 16: Caratterizzazione delle Interazioni Proteina-ProteinaMetodologie per mappare l'interactoma proteico: saggio del doppio ibrido in lievito (Y2H), co-immunoprecipitazione (Co-IP), saggi biofotonici ad alta risoluzione (FRET/BRET); CHIP.• Lezione 17: Strategie di Gene Targeting In VivoPrincipi biologici della ricombinazione omologa in cellule staminali embrionali (ES) e design di vettori di targeting; generazione di knockout e knockout condizionali mediante sistemi Cre-Lox. Costruzione e selezione di cellule e animali geneticamente modificati. Tecnologie di genome editing in vivo: trasposoni, Zinc Finger Nucleases (ZFNs) e CRISPR/Cas9. Applicazioni del genome editing nella ricerca biologica e nella terapia genica.• Lezione 18: Strategie di Gene silencing In VivoPrincipi del silenziamento genico mediante antisense oligonucleotidi (ASO); RNA interference (RNAi), siRNA e shRNA. Strategie di delivery e vettori per il silenziamento genico. Biogenesi e funzione dei microRNA (miRNA). Applicazioni dei piccoli RNA nello studio della funzione genica e nello sviluppo di nuove terapie. **• 5 tra lezioni interattive ed esercitazioni saranno dedicate alla presentazione e discussione critica di articoli scientifici **
Modalità d'esame
La verifica del profitto avverrà nelle previste sessioni d'esame, mediante un esame scritto composto da TEST A RISPOSTE CHIUSE (quiz a scelta multipla), riguardanti l'intero programma, per la valutazione della preparazione generale dello studente, e una DOMANDA APERTA a scelta dello studente tra tre diversi quesiti proposti, per valutare le capacità di comprensione e approfondimento. Durante lo svolgimento del corso sarà inoltre proposto agli studenti di preparare una presentazione orale facoltativa basata su un articolo scientifico originale su un argomento pertinente al programma, per valutare le capacità di presentazione e sintesi. Questa presentazione fungerà da base per una discussione interattiva in aula sui temi scientifici presentati. La valutazione finale sarà ottenuta dalla media ottenuta dai punteggi ottenuti nei quiz a scelta multipla e nella domanda aperta. L'esame si considererà superato solo se si raggiungerà un punteggio sufficiente sia nei quiz a scelta multipla, sia nella domanda aperta. La presentazione orale facoltativa potrà contribuire al voto finale fino ad aggiungere un massimo di 3 punti.Su richiesta del docente e/o dello studente, potrà inoltre essere effettuata una breve prova orale, che consisterà di un colloquio sugli argomenti svolti a lezione e/o un colloquio di discussione sullo scritto.
Testi di riferimento
Diapositive delle lezioni Reviews e articoli pubblicati su riviste internazionali indicati durante il corso. Libri di testo consigliati: "Genetica & Genomica nelle scienze mediche"; Tom Strachan, Anneke Lucassen. Seconda Edizione Italiana - Zanichelli "Genetica Molecolare Umana"; Tom Strachan, Andrew Read. Seconda edizione italiana condotta sulle 5 edizione inglese - Zanichelli "Functional Genomics: Methods and Protocols" (Methods in Molecular Biology); Michael Kaufmann, Christine A. Wells, Athanasios Alexiou.
Codice insegnamento 2627-1-F0902D001