Domande d'esame VERIFICATO
Domande d'esame - Prof Soriano
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Di cosa parla
- Trascrizione nei Procarioti: Descrive le tre fasi (inizio, allungamento, terminazione), il ruolo dell'RNA polimerasi, del promotore (-10, -35), del fattore sigma e dei terminatori (intrinseci e rho-dipendenti).
- Trascrizione negli Eucarioti: Più complessa, con tre diverse RNA polimerasi e sei fattori di trascrizione (TFII). Introduce attivatori, repressori, co-attivatori, co-repressori, complesso mediatore e promotori multipli. Dettaglia le funzioni delle RNA polimerasi (I, II, III) e i fattori di trascrizione iniziali (TFIID, TFIIA, TFIIB, TFIIF, TFIIH, TFIIE).
- Traduzione: Processo di sintesi proteica da mRNA, coinvolgendo tRNA, rRNA, amminoacil-tRNA sintetasi, fattori di traduzione e GTP/ATP. Descrive l'attivazione degli amminoacidi e le fasi di inizio (con differenze tra procarioti ed eucarioti, inclusa la metionina formilata e le sequenze Shine-Dalgarno/Kozak), allungamento e terminazione.
- Saggio del Doppio Ibrido: Tecnica per studiare le interazioni proteina-proteina tramite l'attività trascrizionale, utilizzando domini di legame al DNA e di attivazione trascrittiva.
- Densità di Superelica del DNA: Parametro per confrontare il grado di superelicità di molecole di DNA di diversa lunghezza (ALK/LkO). Calcolo per un DNA di 2400 pb con 12 superavvolgimenti negativi.
- Regolazione Promotori Lambda (PR, PL, PRM, Cro, CI): Spiega come i repressori Cro e CI controllano in modo mutuamente esclusivo la trascrizione nella regione di controllo, definendo il ciclo litico o lisogenico in base all'affinità per gli operatori (OR1, OR2, OR3).
- Processamento del tRNA: Maturazione dei precursori di tRNA in procarioti ed eucarioti, inclusa la rimozione delle estremità 5' e 3', il ruolo delle RNAsi (RNAsiP, RNAsi III, RNAsi Z) e l'aggiunta del trinucleotide CCA.
- Soppressori Amber: tRNA con mutazione nell'anticodone che riconosce un codone di STOP prematuro, permettendo la continuazione della sintesi proteica.
- Assemblaggio dei Ribosomi: Descrive l'assemblaggio dei ribosomi in procarioti (fattori IF1, IF3, IF2, subunità 30S e 50S, sequenza Shine-Dalgarno) e eucarioti (complesso 43S, elF4/mRNA, sequenza Kozak, subunità 40S e 60S).
- Processamento dell'RNA: Meccanismo per ottenere RNA maturi da precursori. Include l'escissione di parti in eccesso negli rRNA e i processi di capping 5', poliadenilazione 3', splicing degli introni e editing delle basi azotate per l'mRNA.
- Regolazione Operone Lac: Regolazione specifica (negativa, legame allolattosio al repressore) e generalizzata (positiva, glucosio, cAMP, proteina CAP) in risposta alla disponibilità di glucosio e lattosio.
- Regolazione Operone trp: Controllo all'inizio (repressore legato a trp) e meccanismo di attenuazione (formazione di forcine nell'mRNA leader in base alla disponibilità di triptofano).
- Ribozimi: Piccole molecole di RNA con funzione catalitica, capaci di effettuare tagli idrolitici (es. "hammer head").
- Replicazione Telomeri: Problema della rimozione del primer terminale sul filamento lagging. Risoluzione tramite telomerasi (TERT con attività trascrittasi inversa e TERC con RNA stampo).
- Promotore Classico: Tratto di DNA a monte della sequenza codificante, con sequenze consenso a -35 (TTGACA) e -10 (TATAAT) nei procarioti, e un sito d'inizio della trascrizione.
- Nucleotide e Nucleoside dell'RNA: L'RNA è una catena polinucleotidica. Descrive i componenti (zucchero ribosio, base azotata, gruppi fosfato) e la polarità 5'-3'.
- Superavvolgimento DNA (Lk, LkO, ALk): Definizione di Lk (linking number) e relazione con LkO (stato rilassato). Spiega il significato di superavvolgimento positivo e negativo e il loro effetto sulla compattezza del DNA.
- Topoisomerasi: Enzimi che modificano lo stato topologico del DNA creando tagli transitori. Classificazione in Tipo I (taglio singolo, senza ATP) e Tipo II (taglio doppio, con ATP). Descrive i meccanismi "strand passage" e "strand rotation".
- Replicazione DNA Procarioti (inizio e allungamento): Processo in E. coli: riconoscimento di OriC da parte di DnaA, caricamento di DnaB/DnaC (elicasi), stabilizzazione con SSB, sintesi dei primer RNA da primasi, ruolo della DNA polimerasi III (complesso γ, subunità β) per i filamenti leading e lagging (frammenti di Okazaki), rimozione dei primer da DNA polimerasi I e saldatura da DNA ligasi (modello a trombone).
- Terminazione Replicazione DNA Procarioti: Controllo da sequenze ter e proteine Tus, che bloccano le forcelle di replicazione, seguita da azione di DNA topoisomerasi IV per separare le molecole concatenate.
- Esperimento di Meselson e Stahl: Dimostra la replicazione semiconservativa del DNA usando isotopi di azoto (N-15 e N-14) e gradiente di cloruro di Cesio.
- Esperimento di Griffith: Scoperta del "principio trasformante" (trasferimento di virulenza tra ceppi di S. pneumoniae) nel 1928.
- Esperimento del Frullatore (Hershey e Chase): Dimostra che il DNA è il materiale genetico, usando fagi T2 marcati con 32P (DNA) e 35S (proteine).
- Regolazione di Int e Xis (fago lambda): Dipendenza dell'integrazione/escissione dalla produzione di Int (integrasi) e Xis (escissionasi), regolata da CII e dal promotore Pi. Spiega la retroregolazione e il ruolo di pN.
- Sequenze Ripetitive DNA Eucariotico: Classificazione in tandem (satellite, microsatellite, minisatellite) e intersparse (retrotrasposoni come LINES, SINES, LTR e trasposoni a DNA).
- Teoria del Vacillamento (Codone-Anticodone): Spiega la degenerazione del codice genetico, permettendo appaiamenti anomali nella terza posizione del codone, riducendo il numero di tRNA necessari.
- Sintesi Abortiva (Trascrizione): Iniziale sintesi e rilascio di corti frammenti di RNA prima che l'RNA polimerasi si stacchi dal promotore, con modelli di "passaggio transiente", "a bruco" e "accartocciamento".
- Sequenza Kozak: Corta sequenza di mRNA eucariotico riconosciuta dalla subunità ribosomale 40S per l'inizio efficiente della traduzione.
- Sequenza Shine-Dalgarno: Sequenza AGGAGG nei procarioti che precede il codone AUG, complementare all'estremità 3' dell'RNA 16S, per l'assemblaggio del complesso d'inizio.
- PCR (Polymerase Chain Reaction): Amplificazione in vitro di specifici tratti di DNA. Descrive gli elementi necessari (DNA, dNTPs, primers, DNA polimerasi termoresistente, termociclatore) e le fasi del ciclo (denaturazione, annealing, allungamento).
- Istoni e Nucleosomi: Struttura e ruolo degli istoni (H1, H2A, H2B, H3, H4) nel compattamento del DNA e formazione del nucleosoma (ottamero istonico + DNA avvolto).
- Enzimi di Restrizione: Endonucleasi che tagliano il DNA in sequenze specifiche. Classificazione in Tipo I (taglio non specifico) e Tipo II (taglio specifico) e i tipi di estremità (piatte o "sticky").
- TWIST, ROLL e TILT: Parametri che descrivono i piegamenti e le curvature della molecola di DNA, influenzando la sua forma.
- Organizzazione Genetica Procarioti: Genomi circolari in nucleoidi, organizzati in operoni (policistronici) per geni funzionalmente correlati.
- Superavvolgimenti DNA (planctonemici, toroidali): Due tipi di superavvolgimento della doppia elica e le loro caratteristiche (positivi/negativi, stabilità/apertura).
- Ribonucleoproteine Nucleari Eterogenee (hnRNP): Complessi di proteine e RNA nel nucleo, coinvolti nella modifica del pre-mRNA, segnalazione per il trasporto e regolazione dei siti di splicing.
- Cropping e Dicing (miRNA): Processi di maturazione dei pri-miRNA (cropping nucleare da DROSHA) e pre-miRNA (dicing citoplasmatico da DICER) per formare i miRNA attivi.
- Amminoacil-tRNA Sintetasi e tRNA Isoaccettori: Enzimi che caricano gli amminoacidi sui tRNA. Esistono 20 tipi di sintetasi, ciascuna specifica per un amminoacido ma riconoscendo più tRNA (isoaccettori) grazie a regioni specifiche sul tRNA.