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Il documento descrive la pandemia di COVID-19 causata dal coronavirus SARS-CoV-2 e la struttura del suo genoma a RNA. Illustra la raccolta e l'estrazione dei campioni e le principali strategie di sequenziamento NGS, cioè shotgun metatrascrittomico, ampliconi, cattura ibrida e RNA diretto. Tratta infine l'assemblaggio del genoma, i repository pubblici dei dati e gli strumenti di monitoraggio, concludendo sull'importanza della condivisione dei dati.
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- Nel gennaio 2020 viene identificato il nuovo betacoronavirus SARS-CoV-2, responsabile della malattia COVID-19, dichiarata pandemia dall'OMS l'11 marzo 2020; il documento descrive trasmissione, periodo di incubazione e sintomi principali.
- Il genoma virale è un RNA di circa 30 000 nucleotidi, con due reading frame (ORF1a e ORF1b) che producono poliproteine processate in proteine per la replicazione e la trascrizione, oltre a proteine strutturali e accessorie.
- Si spiegano la raccolta dei campioni clinici, prevalentemente respiratori, e i limiti dei campioni ambientali o delle colture cellulari, nonché l'estrazione dell'RNA e la verifica della carica virale tramite qRT-PCR.
- Vengono presentate le quattro strategie di sequenziamento NGS: shotgun metatrascrittomico, sequenziamento basato su ampliconi, cattura ibrida con probe biotinilate e sequenziamento diretto dell'RNA, con i relativi vantaggi, limiti e piattaforme commerciali.
- Si discute l'assemblaggio del genoma, che dipende dalla copertura e dai dati prodotti dai diversi approcci: metatrascrittomica e cattura ibrida offrono una copertura più completa, mentre gli ampliconi presentano coperture distorte.
- Il documento elenca i repository e gli strumenti per la condivisione dei dati, tra cui GISAID, Research Data Alliance, ArrayExpress, EGA e i cataloghi di software bio.tools, Galaxy e Microreat, sottolineando la scarsità dei metadati.
- Infine sono illustrati i portali di monitoraggio come Nextstrain e Hyphy, le inconsistenze tra i database COG-UK, GISAID e NCBI, il ruolo di INSDC come archivio più completo e la conclusione sull'importanza di dati pubblici, integrati e riproducibili.
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