Compiti ed esercitazioni VERIFICATO
Esercizi in preparazione all'esame
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Di cosa parla
- Mappatura di Restrizione: Tecnica fondamentale per la caratterizzazione di plasmidi circolari, utilizzata per determinare la posizione dei siti di taglio e le distanze relative tra diversi enzimi. Il processo inizia con l'analisi delle digestioni da enzimi singoli per identificare il numero di siti, per poi procedere con doppie digestioni per il posizionamento relativo dei siti. Il documento include esempi dettagliati di calcolo e rappresentazione di mappe con enzimi comuni come SalI, NcoI, EcoRI, BamHI, HindIII, SmaI ed EcoRV.
- Quantificazione del DNA: Metodologia per determinare la concentrazione di DNA plasmidico in una soluzione tramite spettrofotometria, misurando l'assorbanza a 260 nm (A260). Vengono illustrati i calcoli della concentrazione in cuvetta e della soluzione madre, tenendo conto delle diluizioni. Viene evidenziata l'importanza del rapporto A260/A280 per valutare la purezza del DNA, con un intervallo ottimale di 1.7-1.9; valori superiori possono indicare contaminazione.
- Calcoli per la Ligazione: Guida al calcolo della quantità di inserto di DNA necessaria per una reazione di ligazione efficace, mantenendo un rapporto specifico tra vettore e inserto (es. 1:5), basandosi sulle dimensioni in coppie di basi (bp) e sulla quantità di vettore in nanogrammi (ng).
- Analisi degli Enzimi di Restrizione: Presentazione dei siti di riconoscimento e dei tipi di estremità prodotte (blunt, 5' sporgente, 3' sporgente) da enzimi di restrizione di classe II (es. BamHI, EcoRV, PstI, SalI, XhoI, ClaI, SmaI, BglII), informazioni cruciali per le strategie di clonazione.
- Preparazione di Reazioni PCR: Dettagli sul calcolo dei volumi dei vari componenti stock (DNA stampo, buffer PCR, dNTPs, primers, Taq polimerasi) necessari per allestire una reazione PCR con le concentrazioni finali desiderate.
- Preparazione di Gel di Agarosio: Istruzioni per calcolare le quantità precise di agarosio, tampone (es. TAE) e acqua per preparare un gel di agarosio alla percentuale e al volume desiderati.
- Temperatura di Melting (Tm) degli Oligonucleotidi: Metodo per determinare la Tm di oligonucleotidi, utilizzando una formula che considera la percentuale di G+C e la lunghezza dell'oligo. La compatibilità tra oligonucleotidi è indicata da valori di Tm simili.