Per scegliere la soluzione tamponante per le proteine, si considera l'acido debole con la sua base coniugata e si calcola la pKa utilizzando l'equazione di Henderson-Hasselbach. La pKa deve essere vicina al pH del campione.
I sali caotropici aumentano la solubilità delle proteine in alta concentrazione, causando una parziale denaturazione senza precipitazione, mentre i cosmotropici riducono la solubilità e favoriscono la precipitazione.
Tecniche di separazione del solvente includono la dialisi e l'ultrafiltrazione, che utilizzano membrane semipermeabili per rimuovere piccole molecole.
Raffreddare il campione durante la preparazione di un estratto grezzo evita la denaturazione delle proteine e la possibile riattivazione dell'attività proteolitica.
Forze idrofobiche mantengono l'ordine del folding proteico, mentre forze centrifughe accelerano la sedimentazione delle particelle in condizioni di non equilibrio.
Nel processo di centrifugazione, le forze in gioco includono la forza centifuga, la forza di Archimede e la forza di attrito. La velocità costante di sedimentazione è definita come \(v = \frac{r(C_p - C_m)}{\eta}\).
Per separare le componenti cellulari all'inizio del processo di purificazione si utilizza la centrifugazione differenziale, che permette la sedimentazione sequenziale basata sulle dimensioni e densità.
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